Les Archives départementales des Bouches-du-Rhône sont nées, comme tous les dépôts d’archives similaires, par la loi du 5 brumaire an V prescrivant de rassembler au chef-lieu de chaque département les papiers des institutions d’Ancien Régime que la Révolution de 1789 venait alors de supprimer.
Au sein du réseau que forment les services d’archives départementales, des éléments communs se mettent en place, assurant une uniformisation des pratiques professionnelles sur tout le territoire. Ainsi, à partir de 1841 se généralise progressivement un cadre de classement, c’est-à-dire une méthode commune de classement des documents. Quant au personnel, la mesure la plus importante pour le réseau est la décision en 1850 de placer à la tête de chaque dépôt un archiviste formé à l’Ecole nationale des Chartes, créée en 1821.
Depuis plus de deux cents ans, l’institution poursuit son travail de collecte et de conservation de documents d’archives publics et privés. Ses missions se sont largement étoffées et se sont également adaptées aux évolutions de l’administration comme des besoins du public. Les lois de décentralisation de 1982 rendent les collectivités locales propriétaires de leurs archives, conduisant ainsi à transférer l’entretien des bâtiments et la prise en charge du personnel des archives départementales aux conseils généraux puis départementaux.